ในปีพ.ศ. 2540 ที่ประชุมคณะกรรมการป้องกันและควมคุมโรคเอดส์แห่งชาติ ได้มีการนำเสนอแนวคิดในการจัดตั้งมูลนิธิเอดส์แห่งชาติ โดยมุ่งหวังให้เป็นองค์กรระดมทุนระดับชาติซึ่งทำหน้าที่ระดมทุนจากภาคธุรกิจและขอรับงบประมาณสนับสนุนจากรัฐ(กระทรวงสาธารณสุข) เพื่อสนับสนุนงบประมาณในการดำเนินงานเรื่องเอดส์แก่องค์กรเอกชนหรือองค์กรชุมชนและดูแลองค์กรเอกชนที่ทำงานด้านเอดส์ให้มีความคล่องตัวในการบริหารจัดการเรื่องทุนและต่อมาในสมัยนายกรัฐมนตรีชวนหลีกภัยเป็นประธานคณะกรรมการเอดส์ชาติฯได้มีมติเห็นชอบให้ดำเนินการจัดตั้งมูลนิธิฯโดยการแต่งตั้งคณะทำงานเพื่อพิจารณาการจัดตั้งมูลนิธิเอดส์แห่งชาติในเดือนกุมภาพันธ์พ.ศ. 2541

คณะทำงานฯเปิดรับฟังความคิดเห็นขององค์กรพัฒนาเอกชนด้านเอดส์ และเครือข่ายผู้ติดเชื้อฯ ในการจัดรูปแบบองค์กรที่มีหน้าที่ในการระดมทุน และพัฒนางานขององค์กรพัฒนาเอกชนและกลุ่มผู้ติดเชื้อฯบนพื้นฐานการมีส่วนร่วม ซึ่งองค์กรพัฒนาเอกชนและกลุ่มผู้ติดเชื้อฯเห็นด้วยกับบทบาทของมูลนิธิฯในการระดมทุนจากภาคส่วนต่างๆโดยมูลนิธิฯต้องมีความเป็นกลาง โปร่งใส ไม่อิงหรือเป็นเครื่องมือให้กับองค์กรใดองค์กรหนึ่งต้องมีโครงสร้างที่มีองค์ประกอบชัดเจนมีสัดส่วนที่ใกล้เคียงกันของกรรมการจากภาคีต่างๆทั้งภาครัฐองค์กรพัฒนาเอกชนกลุ่มผู้ติดเชื้อและภาคธุรกิจ

หลังจากที่ได้ข้อสรุปร่วมกันแล้วคณะกรรมการผู้ริเริ่มจัดตั้งมูลนิธิฯชุดแรก3 คน ประกอบด้วยนายแพทย์ยุทธโพธารามิก (อธิบดีกรมควบคุมโรคติดต่อ กระทรวงสาธารณสุข) นายพร้อมบุญพานิชภักดิ์ (ประธานคณะกรรมการองค์การพัฒนาเอกชนด้านเอดส์-กพอ.) และนายภูมิชายล่ำซำ (บริษัทเมืองไทยประกันชีวิต) ร่วมกับตัวแทนองค์กรภาคี 4 ฝ่าย ซึ่งประกอบด้วย ภาครัฐองค์กรพัฒนาเอกชนกลุ่มผู้ติดเชื้อและภาคธุรกิจจำนวน 16 คนได้ดำเนินการจดทะเบียนในชื่อ“มูลนิธิเอดส์แห่งประเทศไทย(มอท.)”หรือ“Thai National AIDS Foundation (TNAF)”เมื่อวันที่ 19 กันยายนพ.ศ. 2542

 

​1. To operate as a national center to raise funds and resources to support non-governmental organizations, people living with HIV/AIDS groups and community organizations on AIDS. 2. To operate as a link between governmental organizations, private sector, community organizations and people living with HIV/AIDS groups in order to organize funds and other operations concerning HIV/AIDS issues. 3. To promote and support fund-raising campaigns that will sustain HIV/AIDS programs. 4. To provide support for academic research in order to directly improve HIV/AIDS programs. 5. To provide support for monitoring and evaluation the work of non-governmental organizations, people living with HIV/AIDS groups and community organizations. This process will lead to improvement of social policies and more efficient operations. 6. To provide support in the dissemination of the work of non-governmental organizations, organizations of people living with HIV/AIDS and community organizations.